PCR實驗室可以是分散形式，也可以是組合形式。完成一組PCR實驗，通常應經過試劑配制、樣品處理、核酸擴增及產物分析四個實驗過程，若實驗工藝需要，還應增加樣品粉碎過程。
所謂分散形式PCR實驗室，是指完成上述實驗過程的實驗用房彼此相距較遠，呈分散布置形式。對于這種布置形式的PCR實驗室建設設計，由于各個實驗之間不易相互干擾，因此無需特殊條件要求。
②組合形式PCR實驗室：
所謂組合形式PCR實驗室, 是指完成PCR四個實驗過程的實驗用房相鄰布置，組成獨立實驗區域的形式。對于組合形式PCR實驗室的建設設計，由于各個實驗間集中布置，容易造成相互干擾，因此，對總體布局以及屏障系統具有一定的要求。各室在入口處設緩沖間，以減少室內外空氣交換。
標準的PCR實驗室設計規范應包含以下幾個部分：
1、主體結構
主體為彩鋼板、鋁合金型材。室內所有陰角、陽角均采用鋁合金 50 內圓角鋁，從而解決容易污染、積塵、不易清掃等問題。結構牢固，線條簡明，美觀大方，密封性好。
2、標準的三區分隔和氣壓調節
將 PCR 過程分成試劑準備、標本制備和 PCR 擴增檢測三個獨立的實驗區。整個區域有一個整體緩沖走廊。每個獨立實驗區設置有緩沖區， 同時各區通過氣壓調節，使整個 PCR 實驗過程中試劑和標本免受氣溶膠的污染并降低擴增產物對人員和環境的污染。
可打開緩沖區Ⅰ，緩沖區Ⅱ和 PCR 擴增區的排風扇往外排氣，在實驗區的外墻上和各扇門上都安裝有風量可調的回風口，空氣通過回風口向室內換氣。
3、消毒
在三個實驗區和三個緩沖區頂部以及傳送窗內部安裝有紫外燈，供消毒用。
在試劑準備區和標本制備區 還設置移動紫外線燈，對實驗桌進行局部消毒。
4、機械連鎖不銹鋼傳遞窗
試劑和標本通過機械連鎖不銹鋼（不建議使用電子連鎖方式）傳遞窗傳遞，保證試劑和標本在傳遞過程中不受污染（人物分流）。
5、地面
地面建議使用 PVC 卷材地面或自流坪地面，整體性好。便于進行清掃，耐腐蝕。沒有條件的也可采用水磨石地面，或大塊的瓷磚（至少 800mm×800mm）接縫需要小于 2mm。
6、照明
燈具要選用凈化燈具，能達到便于清洗、不積塵的特點。
